В 1782 году вместо старого ветхого здания была выстроена новая каменная церковь с колокольней. «В те годы церковь находилась на окраине города. В 1800 году на кладбище при Успенской Ахтырской церкви была погребена Агафья Мошнина, мать преподобного Серафима Саровского». После перестройки в 1898 году храм становится тринадцатитлавым, обретает многообразные элементы декора. В 1935 году церковь закрыли, а здание передали под общежитие мединститута. С 1937 года в помещении храма работал матрасный цех артели незрячих инвалидов. Во время оккупации фашисты устроили здесь склад. В 50-е-годы была разобрана колокольня храма, снесены главы. Основное здание надстроили вторым этажом и оборудовали склад завода «Медстекло». В 1998 году святыню вернули Курско-Рыльской епархии. Сегодня церковь Ахтырской Божией Матери продолжает восстанавливаться.